芹泽教授他们本来是不打算继续潜游唤醒哥斯拉的，但是架不住某位神明好像对其他地方的灾难无动于衷，于是他们只好重新执行危险的计划。
另一边，脑残的拉塞尔女博士正在和她的合作者争吵，两人打算唤醒整个地球所有的泰坦巨兽，让地球重新恢复自然生态，结果运气很不错，第一次就唤醒了怪兽之王王者基多拉，第二次就是拉顿。
然后计划失控，王者基多拉唤醒了全世界的怪兽，现在的局面就是全线崩盘，整个地球都陷入了灾难。
“泰坦巨兽计划是错误的，神明……”
两人自然也都看到了大汉朝那一位“神”斩杀了一头泰坦巨兽的场景，只不过对方斩杀了一头泰坦巨兽之后，没有像其他人推测的那样，去找其他泰坦巨兽的麻烦，而是待在大汉朝就不动了。
“为什么会有神明？”
“泰坦巨兽不就是神明吗，那有神话故事的神明出现有什么奇怪的？”
“不，泰坦巨兽才是真正的神明，神话故事的神明不应该存在才对。”
将军无法理解拉塞尔女博士的脑回路，明明都是神话传说，为什么泰坦巨兽的神话传说就是真的，泰坦巨兽就是神明，而他们人类的神话传说里面的神明出现却是假的。
将军放弃治疗，对现在的局面很满意，超前完成了任务，但是对于拉塞尔博士来说就不行，她觉得必须要按部就班的释放泰坦巨兽才行，现在一下子全部释放了出来，太危险了，必须要阻止！
只能说不是很理解她的脑回路，也还好理解不了，不然岂不是也变成像她一样的脑残了？
带着奥卡仪器的拉塞尔博士逃出了基地，将军不想让她破坏现在的局面，奈何祸害遗千年，平日里百发百中的枪法现在却一枪都没打中，愣是被一个手无缚鸡之力的科研人员从枪林弹雨之中逃了出去。
感觉受到侮辱的将军二话不说就开着装甲车进行追击，正好这时候拉塞尔博士的前夫来找失踪的女儿，见到这样的场景，也顾不得自己前妻脑残了，救女儿要紧，赶紧让她们上车躲避将军的袭击。
另一边，芹泽教授他们成功抵达地下世界，不是后面靓仔的那个地下世界，而是要往上一层，顺便说一下，哥斯拉世界的地球是中空的，也就是没有地心，四通八达的通道是哥斯拉快速来往全球各地的原因。
再深入的话，就得通过一段类似于空间隧道的通道，才能进入真正的地心世界，不过哥斯拉后面一发原子吐息/放射热线
直接打穿到地心世界，可以看出根本不需要那么冒险的通过空间隧道。
芹泽教授一行人抵达这里已经很艰难了，芹泽教授让其他人回去，作为活不长久的最狂热的哥斯拉粉，他决定要牺牲在这里，让哥斯拉拯救人类。
随后他拎着核弹找到了奄奄一息的哥斯拉，吃了一发氧气破坏者的哥斯拉到现在都没有恢复过来，继续这样下去的话，等王者基多拉改变了全球气候，让全世界变成了以王者基多拉为首的生态体系，那全人类都会灭亡的。
哥斯拉奄奄一息之际，看到了有一个人类走到自己旁边，它嗅了嗅，记住了这个人类的气味，接着芹泽教授就引爆了核弹。
伴随着屁用都没有的号称好几亿摄氏度的核爆绝对毁灭领域消失，哥斯拉吃了一发大的，有点吃不消，急需发泄出来，刚好它感受到了王者基多拉，于是就前往了王者基多拉所在的地方。
另一边，王者基多拉却没有在波士顿继续停留，它感觉到了路西法的存在，于是就飞了过去。
“王者基多拉离开了波士顿！”
帝王组织和人类高层立刻发现了这一点，主要是那一大团乌云以及王者基多拉飞行时候掀起的六级飓风都让它的动静不可能无声无息，反而会吸引所有人的注意。
“它想要去哪里？”
人类高层想到了一个可能性，帝王组织的人也同样想到了这一点。
“神明之间，要开战了！”
怪兽神明和人类神明！
“王者基多拉要去找那个神明了，从它的前进路线来看，判断无误！”
“它们果然是敌对的关系！”
人类高层激动起来，他们巴不得王者基多拉能够跟那个神明同归于尽，毕竟他们对王者基多拉和神明都充满了忌惮和不安。
另一边，路西法其实比人类高层更早发现王者基多拉朝着自己过来了。
“找死吗？”
路西法正打算去其他地方收集资源，发现王者基多拉的意图之后，感觉很不满，于是他主动离开了大汉朝的区域。
“神明也动了！”
因为路西法强行关闭了所有的卫星，导致人类只能用无人机之类的偷偷观察他，现在看到路西法一飞冲天，瞬间突破音速之后连忙大喊。
“这，真的是生物能够具备的速度吗，初速度还只是音速，不到一秒钟就加速到超音速，短短十秒钟就已经加速到了二十倍音速！”
神明展现出来的强大，远超他们的想象，而路西法就这样加速成为一道金光，直接射入了天空中的飓风之中，顿时，所有人只听到一声震耳欲聋的巨响，仿佛是天地大碰撞的动静，冲击波扩散开来，击散了云层。
“撞上了？”
他们只能这样猜测，因为这种动静，很像是那个加速到了二十倍音速的神明直接撞上了王者基多拉。
如果神明够硬，那王者基多拉就会好像人类被子弹击中一样，以那种加速度和质量，被击穿是很有可能的事情。
不过考虑到王者基多拉的身体坚硬程度远超一切生物质，他们就有些不肯定了。
“吼！”
紧接着，就是比超音速慢了很多的声音传来，那是王者基多拉的惨叫声！
然后所有人看到云层坠落一个庞大的黑影，那位神明就站在王者基多拉中间的头上，并且他们还看到王者基多拉的腹部出现了一个巨大的窟窿！