国内战事的糟糕程度，尤胜于辽西战场。
首先是张献忠再反谷城，并与罗汝才在房县汇合，后有打败左良玉大军，歼灭左部万余人。
左部大败的消息传到京城之后，崇祯皇帝大怒，下令将熊文灿和河南总兵张任学革职，又严令各敌总督和驯服合理围剿。
张献忠的反叛说明熊文灿主持的抚局彻底破产，作为他的举荐人，杨嗣昌自然要负主要责任，自然要上疏请罪，并请辞去内阁阁员一职。
好在崇祯皇帝对杨嗣昌非常信任，就将他的请辞折子给退了回去，让他依旧回内阁佐理。不过，湖广局势已经到了一发不可收拾的地步，实在需要一名大员主持剿局。于是，圣旨下来了，命杨嗣昌以礼部兼兵部上述东阁大学士的身份出任总督，赐尚方宝剑，各省兵马都会其截止。
如今的朝廷已经没有几个知兵的大员，杨嗣昌算是其中的佼佼者，对于他，崇祯皇帝还是包有极大期望的。
杨嗣昌到襄阳主持剿局之后，张献忠知道他的厉害，心头犯怵，加上又顶不住朝廷大军的公式，便率部西进，进入川陕交界的山区。
杨嗣昌不愧为明末明朝方面少有的军事家，在他的主持下，左良玉部终于在陕西官兵的配合下，在四川太平，也就是现代的万源县玛瑙山截住了张献忠主力。
一场大战，张献忠大败，损失三千五百多精锐士卒，就连军事潘独鳌也被生擒活捉。
当时的张献忠号称十万，可农民军都是流寇，没有固定的根据地，没次流动作战都是拖家带口。几万人马中，扣除老弱妇孺和辅兵，其实没多少人马。所以，这三千五百多精锐的损失，对他来说几乎是伤筋动骨。
在接下来一断时间里，张献忠除了逃跑还是逃跑，残部进入川陕交界处的山区，要彻底剿灭他，也就是时间和耐心的问题了，从某种意义上也算是彻底失败。
不得不说，杨嗣昌确实能打，配得上战略家的称号。
可惜杨嗣昌这人大概是在朝堂里呆的时间实在太久，没有多少基层工作经验。加上性格上又独断专行惯了，缺乏妥协的艺术和圆滑的处世手段，或者说心胸不够开阔。
连战连捷，屡立大功之后，左良玉骄傲起来，渐渐不把杨嗣昌放在眼里，让杨阁老非常不满意。
其实，明朝带兵的大将都有些骄横，必要的时候安抚一下就是了。打个比方，如果这次带兵的统帅换成天启年间的孙承宗，对于左良玉的骄傲，也就一笑了之，只要你能打胜仗就可以了。至于你是否尊重上司，倒不要紧。同国内战局比起来，私人恩怨又算得了什么。
不过，杨嗣昌是什么人，他可是连卢象升都敢朝死里整的人，还怕你一个小小的左良玉。于是，他就将手头的资源朝陕西总兵贺人龙那边倾斜，开始扶植起这个听话的大将军。
不过，这自然引起了左的消极怠工，进而影响到追剿张献忠的战事。毕竟，左部的力量比贺人龙有大得多。最后，杨嗣昌没办法，又放弃了贺人龙，转而支持左良玉，这又引起了贺的不满。两位大将和杨嗣昌渐渐失和，都不愿意再替杨嗣昌卖命。
张献忠利用这次机会，躲过追捕，带兵进入四川。
四川多年没遇到过战乱，四川兵根本就没任何战斗力，农民军一入川，就壮大起来，巴州广元棉竹剑阁等要地逐次陷落。
等到杨嗣昌移师重庆，成都以北的什邡广汉金堂简阳资阳也落入敌手。这一片乃是成都平原的核心区域，乃是农业主产区，地方富庶，人丁繁茂。得到极大补充之后的张献忠一飞冲天了。
十一月，张献忠又拿下泸州隆昌。后来有拿下巴中，或许了战略的主动权，开始主动向杨嗣昌发动进攻。并于崇祯十四年正月十三日，在开县大破猛如虎部。朝廷军大败，如此，张献忠由四川东出湖广之路已然打通。
随着朝廷各路大军被他调动，如今正分散在陕西到重庆的各个地区，湖北空虚，张献忠决定长途奔袭襄阳。二月初四，张献忠派二十骑冒充官兵潜入城中。夜半，二十人四下放火，乘乱袭击官兵，城内一片混乱。天明，张献忠率主力赶到城下，不费吹灰之力拿下这作湖北军事重镇，湖广局势顿时逆转。
城破之后，张献忠运气实在太好，竟然逮住了襄王朱栩铭贵阳王朱常法襄阳府推官邝日广知县李大觉，这些人自然都被他一气儿地杀了个精光。
杨嗣昌在听说张部突然杀到湖广之后，知道大事不好，火速赶赴湖广，可惜还是来迟一步。等到了宜昌，知道襄阳陷落的消息之后，杨嗣昌忧愤交加，几日不食，呕血三升而死。
拿下襄阳之后，张献忠有进攻河南信阳，遇到左良玉。大约是太大意了，竟吃了一场空前败仗，部下被俘被杀者数万，各类骡马丢失了上万匹。
没办法，张献忠只能再次向东，进入河南。
张献忠在这两年多的时间内，队伍开始逐渐膨胀，再加上长期的战斗，以战代练，竟练出一支精锐部队来。而且，最严重的是，湖广和四川经过他这一番祸害，已经彻底糜烂和破败下来。
湖广熟，天下足，自然湖北和四川都是朝廷的赋税重地。经此战乱，已经不能为明帝国提供哪怕一丝人力和物力支援。
最最可怕的是，杨嗣昌身为内阁中唯一知兵的统帅级人才的阵亡，再加上洪承畴在东北战场被俘，明朝能打的总督一级统帅人才突然出现断档。
在以后的一年时间中，朝廷之后孙传庭一人可用。问题是，等到孙传庭再次督师时，接受的却是一副烂摊子，已经无力回天了。
张献中在湖广和四川搞出偌大风云，陕西和河南的李自成其势更是锐不可挡。
李自成在崇祯十一年八月败于洪承畴之后，率军退入陕西四川湖广交界的大山之中。等到崇祯十二年张献忠再反谷城之后，李自成出山，不断召集旧部，扩充部队，力量呈几何级数增长。因为张献忠部吸引了所有的官兵，让李自成在河南打得非常顺手。
而这个时候河南正好遇到空前旱灾，百姓几乎活不下去，纷纷揭竿而起，这些都是李自成取之不尽的兵源。说难听点，一块大饼子扔出去，就能轻易地招募一大群青壮加入进部队之中。
当年十二月，李自成连破鲁山伊阳，然后进入河南府，又连下宜阳永宁偃师灵宝等县。
这次李自成同以往的流动作战方式大不一样，开始经营起根据地来，并开始收罗重用知识分子，其中最着名的就是牛金星和宋献策。大量知识分子的加入让农民军有了质的提升，极大地增加了他的力量。
而且，随着他在河南地区建立起一整套基层政权机关之后，颇有些争夺天下的味道，这一手比起死抱着以兵就事流寇主义的张献忠高明多了。
李自成在崇祯十三年扫荡了洛阳周围的各县之后，便盯住了洛阳这座大城。
洛阳是河南第一大城，中原重镇，地位非同小可。以前农民军屡屡在河南过境，都是绕着走，丝毫没有动过打洛阳的念头，如今的李自成终于有了攻克如此天下雄城的实力了。
十三年十二月十九日，李自成在得到内应之后，开始攻城。二十一日清晨，洛阳陷落。洛阳城中的福王也被李自成杀害，和着鹿肉煮城肉汤，摆了一场福禄宴。
福王被杀的消息传到北京，崇祯皇帝大为镇静，竟失声痛哭：“朕不能保一叔父！”
洛阳的失陷，除了福王被害之外，在政治和经济的意义极为要紧。
首先，有明一朝两百余年，还从来没有如洛阳这样的省会级城陷落的先例，即便是强悍的建奴当初不是也在济南城下碰得头破血流吗？洛阳的陷落难免让天下人产生一种感觉：连这样的大城都陷落了，难道我大明朝真的要完蛋了吗？
在经济上，攻打如此重量级的大都市的缴获却不是以前的农民军可以想象的，那下一百座县城的战利品也比不上洛阳。开了洛阳府库，开了福王府的银库，李自成几乎被里面的财物耀花了眼。经此一役，农民军未来几年都不在用军资担心。
拿下洛阳之后，李自成得悉开封空虚，便急率三万人马，其中家丁级的主力战兵就有三千之巨，强行军三日，于崇祯十四年二月抵达开封城下，随即展开攻城之役。
开封乃是古都，就其军事和政治上的地位甚至超过洛阳，乃是中原地区的政治经济文化中心。打个比方，类似现代社会的成都之于西南三省，兰州之于西北地区。
李自成突然杀到，让开封城中一片恐慌。无论怎么看，开封都是守不住的。
不过，开封城中却出了个人物——周王朱恭枵。
他当即就自掏腰包拿出五十万两白银，立下赏格：民间有能出城斩敌一名这，赏银五十两，射杀一名者赏银三十两。
就算你没有杀死敌人，不要紧，能够设伤一名敌人，甚至仅仅是用砖击伤一个敌人，也有十两银子可拿。
官兵战死或者重伤也赏五十两，轻伤二十两。
如此，极大地鼓舞了城中军民的士气。
洛阳失陷时城中达官贵人的惨状极大地震撼了开封城中的官员和贵人们，地方缙绅更是举全族之力协助守城。
李自成这次攻打开封原本以为可以拣个便宜，战前准备不足。结果啃到硬骨头，猛攻数日一无所得，到最后，被被城上守军射杀了一只眼睛，无奈之下，只能灰溜溜地撤退了。这一战，史称第一次开封之战。
因为这一战李自成败得实在太惨，所以他对开封有刻骨仇恨，于是，才有后面第二次，第三次开封之战。
李自成从开封撤退之后，向河南西面运动，同年七月，罗汝才和李自成不和，带兵过来和营。
同年，李自成在项城大败官兵，活捉陕西总督傅宗龙。并连续攻下开封府的商水扶沟许昌长葛。
十一月，李自成攻下南阳，活捉并处死了猛如虎等一大批官员，唐王也被杀害。
十二月，李自成拿下襄城。
气候，又连下镇平新野唐县汝州陈留通许。
然后，就开始第二次开封之战。城中军民拼死抵抗，双方激战二十来天，都损失巨大。
李自成无奈之下，于崇祯十五年主动撤退，转攻偃城，第二次开封之战结束。
李自成罗汝才虽然没有拿下开封，可在偃城却达了个大胜仗，斩杀了陕西总督汪乔年。
汪乔年本是陕西巡抚，傅宗龙死后，汪接替了他的职位。如今陕西总督的主要任务是剿灭李自成，崇祯十五年春，汪乔年拼凑了三万人马东出潼关。
这三人人马他也不弄不清楚自己是从什么的地方拣来的，反正下一道命令，命各地征召勇士，然后送到自己军中就是了。可谓是兵不知将，将不知兵。这样的部队能有战斗力，才见鬼呢！
这个汪乔年在出关之前还干了一件邋遢事，挖了李自成的祖坟，他和李自成可谓是仇深如海。
仇人相见分外眼红，李自成也管不了其他部队，专逮着汪乔年打。
二月十三日，李自成击败官军于襄城之东，贺人龙不战而逃，直接溜回了陕西。同在战场上的左良玉见贺人龙跑了，知道单靠自己一人是打不过李自成的，而且，贺人龙来这么一手实在太恶劣，搞得部队军心动摇，无法再战，于是，他也率部东走。
十七日，李自成攻下襄城，活捉汪乔年，然后被杀。
汪总督死得很惨烈，先是舌头被割，然后被凌迟活剐。
借大胜之机，李自成又开始进攻开封，第三次开封之战开始了。
……
孙元就是在这样的背景下在年初就连续上了三道奏折，请求率领宁乡军入豫平乱征讨贼军。