在成功制服了仓库里的“暗影联盟”成员并获取了重要证据后，柯南等人和警方都松了一口气。然而，他们并没有意识到，一场更大的危机正在悄然逼近。
警方将抓获的犯人带回警局进行深入审讯，而柯南等人则在小镇上稍作休整。
“这次总算是有了重大突破，‘暗影联盟’应该无法再兴风作浪了。”毛利兰说道。
柯南却皱着眉头：“我总觉得事情没有这么简单，那个真正的头目还没有落网，我担心他会有更疯狂的举动。”
正如柯南所担忧的，“暗影联盟”的头目在一处秘密据点中，正愤怒地对着手下咆哮。
“一群废物！竟然这么轻易就被抓住了。”头目脸色阴沉，“不过，他们别想就这样阻止我的计划。”
原来，“暗影联盟”一直在秘密研制一种新型的致命武器，准备用于恐怖活动。而他们之前的盗窃和一系列非法活动，都是为了获取研制武器的资金和材料。
头目决定加快武器的研制进度，并策划了一场针对城市的大规模袭击，以此来报复柯南等人和警方。
另一边，柯南等人在小镇上突然收到了一封神秘的信件。
信中警告他们，“暗影联盟”的终极阴谋即将展开，如果不想城市陷入灾难，就独自前往指定地点。
“这明显是个陷阱，但我们不能坐视不管。”夜影说道。
灰原哀分析道：“也许这是我们抓住头目的唯一机会。”
经过一番讨论，柯南等人决定冒险前往指定地点。
当他们到达时，发现这是一个废弃的工厂，四周弥漫着诡异的气息。
“大家小心。”柯南提醒道。
他们小心翼翼地走进工厂，突然听到了一阵冷笑。
“你们果然来了。”头目从阴影中走了出来。
“你的阴谋不会得逞的。”柯南说道。
头目哈哈大笑：“现在说这些已经太晚了，武器已经准备就绪，很快这座城市就会化为灰烬。”
柯南等人心中一紧，他们知道必须尽快阻止头目。
一场激烈的搏斗再次展开。
头目身手不凡，柯南等人在战斗中逐渐处于下风。
“这样下去不是办法。”林羽说道。
就在这时，毛利兰发现了一个控制装置，似乎与武器的启动有关。
“我去破坏它。”毛利兰喊道。
头目发现了毛利兰的意图，转身想要阻止她。
柯南和夜影拼命拖住头目，为毛利兰争取时间。
毛利兰终于成功地破坏了控制装置，武器的启动被阻止了。
头目见状，变得更加疯狂，不顾一切地向他们攻击。
在关键时刻，警方及时赶到，将头目包围。
“你已经无处可逃了。”警方负责人说道。
头目终于被制服，“暗影联盟”的阴谋彻底破产。
城市又恢复了往日的平静，柯南等人再次成为了人们心目中的英雄。
然而，他们知道，守护正义的道路永远不会结束，未来还会有更多的挑战等待着他们……