正当小智和伙伴们沉浸在过夜派对的欢乐中时，扎奥博找到了格拉吉欧。夜幕下，两人的对峙显得尤为紧张。
格拉吉欧皱着眉头，语气中带着明显的不满：“扎奥博，这是什么意思。”
扎奥博则带着一副轻松的笑意，似乎对格拉吉欧的态度并不意外：“诶呀呀，少爷，你还是那么不喜欢我啊。不过你的反应也在我的意料之中呢。”
格拉吉欧直截了当地问：“你有什么事吗。”
扎奥博收起了笑容，正色道：“我这次来呢，是想请您把属性：空（银伴战兽）还给我。理事长呢也同样希望您可以这么做。”
格拉吉欧毫不犹豫地拒绝了：“请允许我拒绝。”
扎奥博的脸色沉了下来：“擅自将它带走，你还这么理直气壮啊。”
格拉吉欧坚定地回应：“扎奥博，你之前信誓旦旦的说好好照顾它，结果最后还是把它关起来监视。”他的眼神中充满了愤怒，“我是绝对不会把它还给你的。”
扎奥博冷笑了一声：“看来就不得不使用一些不光彩的手段了。”
话音刚落，格拉吉欧突然被什么东西击中了，他感到一阵眩晕，视线逐渐模糊。
扎奥博看着格拉吉欧倒下的身影，冷冷地说：“看来，你也没什么本事啊，我会没有准备就来见你吗？少爷!”他从阴影中走出，脸上带着得意的笑容，“好好睡一觉吧。”
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第二天，放学后，小智正常的走在大街上。突然，他手中的科斯莫古就像受了什么刺激一样，带着小智瞬间移动到一处像研究所的地方。
小智环顾四周，感到困惑：“这是什么地方？科斯莫古，你把我带到这里来干什么？”
科斯莫古指了指前方，示意小智前进。小智虽然疑惑，但还是开始前进。但是小智不知道的是，自己的一举一动被扎奥博观察到了。
小智嘟囔着：“这里，好绕啊。”
这时，火箭队从远处探出头，武藏惊讶地说：“小鬼头？他为什么会出现这个地方。”
小次郎的眼睛闪着光：“不管怎么样，小鬼头手里抱着的那个宝可梦感觉很值钱啊。”
喵喵搓着手：“我们要把它送给坂木老大。”
武藏憧憬着：“升职加薪啊，我们干。”
突然，扎奥博站在他们身后，声音低沉：“可算找到你们了。”
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与此同时，格拉吉欧找到露莎米奈，他的脸上带着焦急：“母亲大人，银伴战兽到底去哪了。”
露莎米奈显得有些迷茫：“银伴战兽，我好像在哪听过啊。”
格拉吉欧急切地问：“母亲大人，您别揣着明白装糊涂。你把它弄到哪里去了。”
露莎米奈试图回忆：“等一等，格拉吉欧，我不知道发生了什么，你能说一下吗。”
格拉吉欧解释道：“扎奥博，把我迷晕了，然后从我这里抢走了银伴战兽。”
露莎米奈显得震惊：“扎奥博？我什么都不知道啊。”
格拉吉欧继续追问：“您什么都不知道吗，扎奥博说是经过您的同意之后才来拿的啊。”
露莎米奈皱着眉头：“银伴战兽？我好像想起来了，这是扎奥博之前研究的一个项目啊。但是给我的报告说，这个项目已经失败了啊。”
格拉吉欧的眼中闪过一丝光芒：“母亲大人，这么多年你都被蒙在鼓里啊，银伴战兽它没有失败，它还帮助过我们。”
露莎米奈的眼中充满了疑惑：“到底怎么回事？”
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扎奥博在另一边下达命令：“你们赶紧抓住那个小子。”
武藏疑惑地问：“抓小鬼头？为什么”
扎奥博解释道：“我需要科斯莫古!你们把那小子抓过来，抢走科斯莫古，然后我再让他忘记一些东西。”他的声音中带着一丝阴险，“毫无痕迹的消除记忆。”
扎奥博继续诱惑火箭队：“如果这件事情办成的话，我会给你发奖金。”
但是事与愿违，火箭队拒绝了他。武藏坚定地说：“消除掉记忆，你在开什么玩笑。不管是人还是宝可梦，每天都会发生各种事，就算是微不足道的小事，那也是宝贵的回忆。”
小次郎支持武藏：“说的不错，我们可是正义的恶使者。”
火箭队最后宣布：“我们不干了!”
扎奥博愤怒地哼了一声，转身离开。他的计划再次受挫，但他的眼中仍然闪烁着不屈的光芒，似乎在计划着下一步的行动。
小智走在走廊中，突然，他感到一股力量将他拉住，回头一看，竟然是扎奥博的胡地。扎奥博从阴影中走出，脸上带着狡猾的笑容。
扎奥博：“诶呀诶呀，你怎么这么不小心的撞见了我的秘密呢。既然来了，那就把科斯莫古交出来吧。”他伸出手，似乎已经胜券在握。
小智心中一惊，但他很快镇定下来：“扎奥博，你这家伙。我是绝对不会把科斯莫古交给你的。皮卡丘使用铁尾。”
皮卡丘立刻响应，它的尾巴闪烁着金属般的光芒，猛地挥向胡地。铁尾成功迫使扎奥博的胡地松开了小智，小智趁机后退几步，与扎奥博保持距离。
扎奥博的眼神中闪过一丝不悦：“明明可以不那么痛苦的经历这件事情的。”
就在这时，格拉吉欧和露莎米奈冲了出来，他们的出现让局势瞬间逆转。格拉吉欧的声音坚定而有力：“到此为止了，扎奥博!去吧银伴战兽!吸收恶之磁盘!”
银伴战兽的身体发出光芒，它成功地变成了恶属性，力量大增。格拉吉欧接着命令：“多属性攻击!”
银伴战兽瞬间击倒了扎奥博的宝可梦，战斗的天平迅速倾斜。格拉吉欧跑向小智，关切地问：“小智，你没事吧。”
小智点了点头：“我没事，快去抓住扎奥博。”他指向扎奥博逃跑的方向。
格拉吉欧立刻追了上去：“别想跑，扎奥博，银伴战兽拦住他!”经过一番追逐，他们成功地阻止了扎奥博的计划，但扎奥博还是设法逃脱了。
事情暂时告一段落，小智带着科斯莫古回到家中。但他万万没有想到的是，自己已经被扎奥博跟踪了。扎奥博躲在暗处，眼中闪烁着不屈的光芒：“为了我的名誉，我一定要把科斯莫古抓到手。”
第二天，学校中。小智他们正在上着户外课，此时扎奥博正在树丛中观察。当小智上场对战时，扎奥博开始下手。他将金平糖一个一个的放在地上，科斯莫古毫无防备的就开始捡起来吃，扎奥博在众人不注意的情况下，将科斯莫古抓走了。
小智此时发现了科斯莫古不见了，他立刻大喊：“各位等一下，科斯莫古不见了!”库库伊博士也感到惊讶：“什么？刚才还在这里的啊。”
小智环顾四周正在寻找着，突然发现扎奥博带着科斯莫古跑了。小智立刻追了上去：“是扎奥博!”
莉莉艾也立刻行动：“他肯定要去自己的研究所，快跟我来，我们去阻止他。”
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一段时间之后，扎奥博利用科技，成功打开了自己的实验室，然后扎奥博将科斯莫古装在一个装置中，并且开始准备打开究极之洞。此时，小智他们赶到了!
露莎米奈严厉地问：“你在干什么扎奥博!”她的眼中充满了愤怒。
扎奥博得意地说：“理事长，您看啊，马上究极之洞就开启了。这不是您心心念念的嘛。”
露莎米奈坚决地命令：“给我住手，扎奥博。”
小智冲了上去：“给我放开科斯莫古!”他冲向扎奥博，试图阻止他的疯狂行为。
扎奥博被撞开，他愤怒地说：“可恶啊，又是你小子。但是你阻止不了了，究极之洞就要成型了。”
露莎米奈命令道：“给我把机器停下来。”
扎奥博反驳：“为什么，这不真是您想看到的吗。”
小智打断他：“你给我闭嘴!皮卡丘，朝着机器，十万伏特”他的命令坚定而有力。
格拉吉欧也加入了战斗：“月亮伊布，暗影球!”两发攻击击中了机器，机器成功被阻止运行。但是科斯莫古的样子也变了，变小了很多。
露莎米奈惊讶地发现：“它变成了科斯莫姆。”
但是究极之洞并没有消失，扎奥博疯狂地笑着：“这就是究极之洞啊，哈哈哈。你们还是没能阻止我。”
小智警觉地喊道：“有东西要出来了!”突然一个水母状的宝可梦从洞中跑了出来。
扎奥博兴奋地说：“哈哈哈，虚吾伊德!真的太让人兴奋了。露莎米奈理事长，我扎奥博为你实现了梦想，它是多么的美丽啊。”
但是虚吾伊德并没有理会在场的众人，开始无差别攻击。小智、格拉吉欧和露莎米奈立刻命令他们的宝可梦进行反击，但是攻击似乎并没有太大效果。
就在这时，虚吾伊德做了一件让众人都震惊的事情，它无视了攻击，将露莎米奈包裹住，返回了究极之洞。这一幕让在场的每个人都感到了前所未有的危机。