虽然第一章与第二章之间还藏了一个隐藏地图，不过为了剧情的流畅，暂且跳过这里，先来讲讲第二章。
第二章的关底boss是黄风怪，也可以叫他黄沙大王。
作为玩家们公认最有趣的一章，大量的剧情人物也在这一章出现。
鼠国王、鼠大郎、鼠二郎、虎先锋，除了这四个妖怪外，还出现了四位神仙：来自十二生肖里的寅虎、辰龙、戌狗，以及护法伽蓝。
第二章的故事发生在黑风山之后，天命人找寻根器的踪迹，一路来到了黄风岭。这里遍布着大量的鼠妖，而且建筑物中、山坡后，都隐藏着许多的弓箭手，在强行通过不得其果后，一个无头人打趣般的在旁边弹起了小曲。
【黄风岭，八百里，曾是关外富饶地......】
许多玩家对这弹琴的无头人还是充满了好感的，毕竟开局便是他去除了我们满身的箭去除，虽然中途老是唱曲打趣我们，但还是起到了和第一章土地公一般一路指引的效果，而且他也是被那发狂的黄毛鼠妖偷走了头颅的菩萨，不管怎么说，菩萨应该是好人吧。
是吗？
在讲述第二章的谜题之前，首先需要明晰一个概念：谎言。
唐僧说出家人不打诳语，可是在菩萨给了他衣服和紧箍时，唐僧是如何跟悟空说的？
他说的是：“是我小时候穿戴的。这帽子若戴了，不用教经，就会念经；这衣服若穿了，不用演礼，就会行礼。”出家人就这样打了诳语，甚至这个谎言还让孙悟空求着唐僧给他穿上了这套衣服、戴上了紧箍。
唐僧是金蝉子转世，自然算得上是神仙佛祖，他也尚且会骗人，那么这个灵吉菩萨自然也会。
在打败黄风怪之后，灵吉菩萨安好了自己的脑袋，告诉天命人：【来罢，替我收好它】
于是便把大圣的根器耳，交给了天命人。看似他人挺好的，但实则这句话是暗暗提醒天命人：这东西不属于你，不要乱了次第。即便你是大圣的后代，有吸收根器的能力，但你也终究是“替我”收好它。
第一章，黑熊精用自己血淋淋的例子告诉玩家：神佛不一定都是好人，他们在谋杀大圣；而在第二章，神佛之一直接出现在了玩家的面前，甚至还一路帮助玩家，这让玩家们不禁犯了嘀咕，自己究竟该信谁？
而且跑去看影神图，却发现黄风怪的故事和灵吉菩萨有了明显的出入，那么此时又该信谁？
章尾的小动画也跟第一章有所不同，讲的是一个书生与狐妖的故事。书生因为做了个噩梦，便将什么都没做的狐狸杀害，化为暖身的狐裘。
虽然看着有趣，但是跟本章的剧情又有什么关联呢？
书生披上狐裘，踏上求学路，旁白恢弘正气的说着：【佛也，妖也，众生自有根器，持优劣者为次第，可乱来不得】
这句话的意思是妖就是妖，仙就是仙，不要妄想改变自己的身份。
悟空吸收天地之精华，此时的他是妖是仙？当他成为齐天大圣，上天宫成了弼马温，此时的他是妖是仙？而当他陪唐僧走完了西行八十一难，被封斗战胜佛，此时的他又是妖是仙？
既然众生自有根器，不可乱来，那他如来封了一个妖猴的果位，岂不乱来？
在确定这帮神仙不是什么好鸟之后，再去看第二章的背景故事，则会发现这背后的许多奇怪之处。
流沙国最初黄金满地，但是由于身处日落之处，当太阳落下时，火焰与海水混杂的滚沸之声可以振杀城中的儿童，佛祖怜悯此地，于是给了个落日鼓，可以抵消这种声响。
但是仔细想想，如果此地一直都有这种能够杀人的噪音，那么此地就不可能建立流沙国，只有是在建立许久之后，再突然发生了这种事情，建成的各种建筑难以迁移，所以才会去想办法解决这种声响。
而恰巧的是，这么一个偏远小国的破烂事，偏偏得到了菩萨的垂怜，获得了能够解决此事的宝物。
而且这样的灾难，甚至在流沙国发生了足足三次。
在菩萨给的落日鼓帮助下，流沙国信众日多，寺庙遍布，大家逐渐开始信佛不信王。于是国王颁布了禁佛令，拆毁寺庙，驱赶修行之人。
好巧不巧的是，在禁佛令颁布不久，这落日鼓便吸引来了一只大虫，将边陲村庄破坏殆尽，民不聊生。
这大虫有两个关键点：一是原本拿来救命的落日鼓，现在却成了催命的触发器，只要敲击大鼓，那大虫便会出现为祸一方；二是大虫身上有着一个巨大的灵吉菩萨脑袋，必然是与佛教有关。
在章末的图像中，玩家与绘卷互动，旁白会告诉玩家：【文殊走了青狮，普贤失了白象，弄得三界震颤】
既然在第二章中提到了这两位，那么不妨递推一下，这大虫又是谁的坐骑“不慎走失”？
这第二难，流沙国没去求助神仙，而是一个路过的黄发黄毛修士替他们摆平。自此之后，国王将其拜为国师，并颁布了敬鼠令，吸引了人类和鼠妖混居。
这个修士自然是黄风大圣，那一句【我来助你】让多少玩家感受到了他的风采。
但是在黄风大圣定居流沙国后，这个脆弱的小国迎来了它的第三次灾难：一夜之间，满城的百姓全都变成了鼠妖。
黄风大圣认为这个祸事是他引来的，便带着手下离开了流沙国，但国民们仍然没能变回人样。
憨傻的傻二郎给出了断言：【大圣，不坏；大鸟，活该】
黄风大圣在大圣死之前，当然称不上是坏人，更可以说是玩家们所理解真正意义上的修士：自己有力量，便去造福百姓，顺带提携自己的同胞一把。
那么在这个故事中，谁才是坏人？
流沙国三次遇灾，好巧不巧的是三次都跟佛祖有关。
这时候再去回想动画里的那句话：【众生自有根器，持优劣者为次第】