谢琰于是跨上战马，雄赳赳，气昂昂。出城迎战。
他先派遣广武将军桓宝为前锋，一起锐不可当，杀敌甚多，谢琰大喜，看看这是什么格局？马上就要胜利了！
但是晋军追击孙恩到河塘之间时，突然道路变窄，行军拥挤。孙恩早就在这里设下了埋伏，就等谢琰到来呢，于是从两侧船舰中射箭攻击。
谢琰军队因而前后断绝，行到千秋亭时，孙恩派兵四处围杀，谢琰军队阵脚大乱，惊惧嚎哭，自相踩踏者无数。
谢琰帐下督张猛在谢琰身后跟随，一顿抡刀，实在是施展不开，不小心砍断了谢琰的马腿，谢琰一个跟头，突然堕地。
“长生人”一见，群起而攻之，一顿乱刀，将谢琰杀死，晋军见主帅阵亡，这就算废了，败得不能再败，死伤不计其数，谢琰的两个儿子，谢肇和谢峻也在军中，同时遇害。
得知谢琰战死，东晋朝廷非常震惊，追赠为侍中、司空，追谥为忠肃公。
朝廷这时还犹豫不决，不想再次动用刘牢之，主要是害怕刘牢之就此做大，不好控制，几番思量，最终派遣冠军将军桓不才、宁朔将军高雅之、辅国将军孙无终等，一起前往抵御。
这时东晋上下，就跟没头苍蝇一样，官员乱了分寸，心智还不好使了，吴兴太守庾桓疑神疑鬼，担心百姓响应孙恩，一顿乱杀，男女百姓死亡几千人。
此时的孙恩早已调转方向，进犯临海。
高雅之与孙恩在余姚遭遇，一场大会战，高雅之不敌，逃往山阴，兵卒战死十之七八。
这是孙恩的第二次进犯，持续时间更长，连续大败官军。这说明，随着作战经验的增加，他的战斗力也在水涨船高。
东晋朝廷大惊，不用刘牢之看来是不行了，硬着头皮再次诏令起用，刘牢之立刻起兵，率众向孙恩发起进攻。
此时孙恩已经从浃口返回陆地，进攻句章，还没有攻克。
刘裕带兵来了！
孙恩这边一听刘牢之又来了，而且一看先锋为刘裕，脑瓜子嗡嗡的。
赶紧的，收拾东西打包跑路，咱到海上，当岛主去也！
刘牢之一听孙恩看见刘裕就跑了，也很头疼，只好率主力坐镇上虞县城，各地区命偏将把守，防止孙恩再次来袭。
刘裕则在句章驻守。
“句章”听起来蛮气派，实际上就是个要塞而已，城中驻军也就几百人，但是刘裕却极其重视。
招揽各种人才变成了刘裕的日常工作，一次刘裕正在巡视，忽听得就得一个壮实小伙子一边割草，一边叹气：“大丈夫弯弓三石，却只能给马割草！”
刘裕在后面一听，好家伙，有志气！
再看他割的草，比别人多出好几捆！结果他一较力，扛起来就走，果然是个壮士！
当即叫住他，问道：“叫什么名字？”
“姓蒯名恩！”壮士回答。
刘裕笑道：“既然有志向，那跟着我吧！”当下发给他甲胄兵器，让他当了自己的亲兵，刘裕因此收得一员猛将。
在句章城里，老百姓经常可以看到威武雄壮的刘裕刘寄奴，身披重甲，手执长杆大刀，巡视城防，他不但治军严格，还体恤部下，经常和士卒们同吃同住，谈笑风生，偶尔还和士兵开玩笑，讲几个荤段子，士兵们逗得哈哈大笑，对他是又敬又爱又怕，军营氛围外松内紧，其乐融融的。
你可别看刘裕平时嘻嘻哈哈的，那要是翻脸可完了，要人命的。
对于作奸犯科，欺压百姓，抢劫财物的地痞流氓、流窜匪寇以及违纪兵士一律从严处理！
句章城的百姓，时不时就能看到几颗血淋淋的人头挂在城墙上面，摇摇晃晃，引得一群苍蝇嗡嗡乱飞！
老百姓心里踏实啊！好多年没遇到刘大帅这样的好官了。
刘牢之那边却很郁闷，北府军部众也很郁闷，这孙恩咋这么怂呢？一枪没放就跑了？你跑了，俺们找谁发财去？
此时朝廷也不纠结了，任命刘牢之都督会稽等五郡，以防孙恩。
401年三月，孙恩果然卷土重来，带兵杀回大陆，向北逼近海盐。
刘裕二话不说，带兵赶到海盐，孙恩一听他又来了，脸都气白了。
怎么回事？这怎么还追着我打呢？躲不开是吧？
还真是那么回事，刘裕对他紧追不放，死活磕到一起去了。
刘裕在海盐的旧城址上修筑阵地。
孙恩咬牙切齿，道：“以为我怕你不成！你吖的，看我不把你劈了！”几乎每天都来，对刘裕的阵地，发动各种进攻。
但是刘裕就有办法打败他，还亲自斩杀了他的将领姚盛。
孙恩的姐夫卢循，给孙恩出谋划策，让孙恩集结兵力，运用用人海战术，不信打不败刘裕。
这卢循也不是个平常人物，他的高祖就是卢志，曾经是成都王司马颖的高参！
孙恩一听有道理，各路大军集结，一心对付刘裕。
刘裕这边城里的部队太少，难以抵挡这样的阵势。
刘裕却面无惧色，你大军压境，我自有妙计破敌！当夜把战旗全部放倒，精锐部队全都埋伏起来。
第二天早晨，刘裕安排人打开了城门，让几个老弱残兵登上城墙闲溜达。
孙恩的部队一见城门大开，反倒疑惑起来。远远地向他们打听刘裕到哪里去了。
老兵们回答说：“昨天夜里已经逃跑了。”
士卒赶紧汇报孙恩，孙恩哈哈大笑：“刘裕你小子也有害怕的时候啊？”
遂领大军进城。
刘裕见人进得差不多了，突然向埋伏处杀出，向他们发动了猛攻，所谓打蛇打七寸，擒贼先擒王，奔着孙恩就去了。
孙恩的先头部队成片放倒，中军掉头就跑，后军搞不清楚状况，大家挤在城门之处，又发生了踩踏事件，相当惨烈。
孙恩奋力杀出一条血路，逃了出来，可真是丢盔卸甲，狼狈不堪，好歹保住了性命。
他知道只要有刘裕在，这座城就攻克不了，于是放弃海盐，改向沪渎进军，刘裕一听，跑了？追！便也放弃了海盐城池，追击而去。
刘裕是想明白了，孙恩去哪，我就去哪！追不死你！