灵智粒子在攻陷主系统的防御，单兵王3.0则是在中层围剿进入的灵智粒子，随着灵智粒子的不断隐藏静默，星系方面好像又成功控制了中层系统，重心又转移到了寻找两只神秘小队，王新此时和师尊、莉莉丝形成三支星系守护小队，在中层的各个区域运动。
配合着星系方面的指令，寻找神秘小队，王新也是在寻找星系的所有秘密小队，逐渐地识别出了五支，而另外一支小队和自己一样在不断变换识别码，到处被漏洞，从灵智粒子反映的单兵王3.0来看，这应该就是当初紧急处置小组那样的队伍。
王新三名队长就开始在系统通信中，不断报告紧急处置小组的信息，让更多的星系小队注意到，开始寻找和围剿，不过秘密小队显然也在暗中寻找第二个神秘小队。
几支队伍在中层广大区域开始了躲迷藏，已经让形势变得复杂起来，而主系统的入侵也在悄无声息地进行，单兵王3.0被一点点同化复制，破解完成后，灵智粒子又开始了改造成为单兵王3.5，这也让王新的主系统入侵格外顺利，随着新型单兵王成功改造，王新手中的大量单兵王3.0也开始升级。
这样一来主系统入侵成功了，而且越来越多的单兵王3.5随着主系统的能量，在各处留下，最后终于和灵智粒子一起到达了核心外围，这里有系统的物理防御，也有系统的防御卫兵，又是一场纳米电子战，不过王新并没有启动这些静默的单兵王3.5和灵智粒子。
和几支星系秘密小队的周旋还在继续，不过现在明显是紧急处置小组被有意针对了，各小队在逐渐接近，也在疑惑另一支隐藏小队在哪里？终于师尊小队开始变换识别码，露出破绽，让各小队终于找到了两个目标。
临时太空堡垒外层的战斗基本结束，除了王新这一路，另外的二路也攻入内部，外面远处的天魔主力舰已经成功各自击溃了一艘星系方面的舰船，千星里之外战场核心的大型星际争霸也在进行着，天魔主力也是趁机攻打真正的星系太空堡垒。
王新从控制的星系飞船得知，星系太空堡垒在召回前来袭击的星系舰队，首先是飞船驰援，但是没有料到这支临时突击舰队，一开火就损失了主力舰，临时太空堡垒变成了星舰独自一艘，正在和天魔三路突击队鏖战，无暇顾及，脱不了身。
这些飞船陆续从星舰起飞，对天魔突击队实施最后一轮打击，然后就飞去驰援了，三百艘飞船分三路对天魔打击，王新操控着自己掌握的飞船，对自己这一路不要轰炸，然后平安度过了这波星系的反扑。
其它两路就惨了，飞船是无差别轰炸，震荡波群扔到突破口，星舰内部有屏蔽层，可以保护中部和内部，其它两路天魔士兵正在外部建立基地，向中部进军，而王新这一营已经是进入中层，借助着屏蔽层，完美度过危机。
震荡过后，另两路是损失惨重，进攻暂时受挫，开始清理进攻通道，让天魔士兵休整，充能准备重新攻击。
王新这边巧妙引导星舰的几只秘密小队，成功和紧急处置小队交手，而师尊也是吸引一个小队穿插游走，彻底将局面搞乱。
王新在灵智粒子解析完主系统的能源和通信后，开始切断掌握的能源供给，削弱星舰的反应能力，向深处核心区域前进，将几支秘密小队甩在身后，莉莉丝小队也在配合师尊，二对一有把握。
主系统发现了能源短缺，物理防御卫兵前来搜寻，灵智粒子是第一次和物理防御卫兵交手，好在是又升阶过，能够抵住对方源源不断的能量粒子攻击，又有大量的单兵王3.5辅助，不断攻克能源仓，切断对方的能源借给，终于是再下三处能源仓后，物理防御卫兵也后继无力了。
摆在王新的前面就是星舰的核心了，核心遭到了攻击，秘密小队也被召回，系统的终极保护启动，中层区域一步步放弃，星系方面开始收缩，然后将核心部分封闭，切断与外部的联系，达到自保。
同时外部区域开始自爆启动，这是要切割多余的部分，断尾求生啊。
另外两个方向的先锋营被阻隔开，只能让开位置让主力舰主炮攻击，这需要一些时间。
王新这一队成功进入核心区域，但是到处是回缩回来的星系部队，暂时有点编制上的混乱，乱中才能取胜，王新利用主系统中灵智粒子的静默隐蔽，得到了新的识别码和编制情况，有了答案去做题，简单很多，一层层向核心前进，与此同时另外的秘密小队也在靠近，这是要将核心区域彻底封闭起来。
而支支援的星系飞船在途中遭到了天魔飞船和护卫舰的埋伏，猝不及防之下，王新掌控的飞船也损失了三十多艘，立刻让飞船们脱离埋伏，保存些实力，不然之后他们这一营将有可能没有太空保驾的力量。
接连又损失了几十艘飞船，王新可操控的飞船直接变成了四十艘，面对护卫舰的强力打击和天魔飞船的预先攻击，星系方面是损失惨重，最后大约有几十艘自杀式攻击，断后成功，一百多艘飞船带伤回援太空堡垒。
王新收到数据是心又痛了一次，自己掌握的飞船被消灭，灵智粒子还可以依附其它飞船，而单兵王就很少能够成功脱离，依附于系统太深。
如果是单兵王3.5就可以解决这个问题，可惜都在星舰系统中，和灵智粒子在入侵指挥系统，这也是核心中的核心，灵智粒子进入核心系统才发现，这里的防御是超强的，可分段移动的防御卫兵，拥有物理防御的强悍和系统移动的灵活，灵智粒子根本就不能将其直接复制同化或改造。
一个新的难题出现了，这关系到之后去攻打太空堡垒面临的同样问题！