正始元年正月，焉耆、危须诸国，弱水以南，鲜卑名王，都遣使来献。
魏帝曹芳称许司马懿，又增加司马懿的封邑。
起初，魏明帝曹叡喜爱大修宫室，建制非常奢靡豪华，百姓多为其苦。
司马懿出征辽东回军的时候，为修宫室而被征役夫仍旧有万余人，
其中布满各种珍奇异宝。到魏帝曹芳在位期间，经过司马懿的上奏，
全部罢除了大修宫室的力役。魏国节用务农，国力大增，各国都来朝见。
正始二年（241年）四月，吴帝孙权分兵四路攻魏：全琮率军数万出淮南，
诸葛恪攻六安，朱然攻樊城，大将军诸葛瑾攻柤中。
五月，吴将全琮入侵芍陂，朱然、孙伦围攻樊城，诸葛瑾、步骘侵掠柤中，
司马懿自请出兵往讨。朝臣认为，敌兵远来攻坚，当待其自破。
司马懿以为不然。六月，司马懿统军增援。他知南方暑热低湿，
大军不宜持久在此，先派轻骑挑战，朱然不敢动。于是，便休养土卒。
检选精锐，招募勇士，发布号令，摆出攻城的架势。
吴军惊惧，连夜撤退。在三州口（荆、豫、扬三州）为魏军追及，
吴军被歼万余人，船舰物资损失甚多。而进攻六安、柤中的吴军亦无功而还。
七月，增司马懿食郾[yǎn]、临颍，前后共四县，食邑万户，子弟十一人皆为列侯。
司马懿功勋德望日渐盛大，然而却更加谦恭。
正始三年（242年）春，魏帝追谥司马懿之父京兆尹司马防为舞阳成侯。
三月，司马懿上奏修广漕渠，引河入汴，疏通东南各个大湖，于淮北大规模屯田。
吴国派诸葛恪屯驻皖城，边人深以为苦。司马懿要率兵攻之，
朝臣以为诸葛恪占据坚城，广有粮谷，孤军远攻，救兵必至。
司马懿却确认为吴军所擅长的是水战，而不是陆战。湖水冬浅，船不能行，
救兵必弃船就陆相救，于陆战破敌就很容易了。
正始四年（243年）九月，司马懿率军出征，皇帝车驾送出津阳门。
军队到达舒城，诸葛恪[kè]果然焚烧积聚，弃城而走。
司马懿又巡视淮北屯田区，提拔农家子弟邓艾主持屯田。
正始五年（244年）正月，大将军曹爽欲立威名，不听太傅司马懿劝止，
力主伐蜀，魏帝曹芳从之。结果为蜀前监军、镇北大将军王平所败，
魏军被阻于兴势，后方也军粮供应不上，牛马骡驴大量死亡，
蜀涪县及费祎[yi]援军亦相继到达。曹爽见不能胜，被迫听从司马懿的劝告，
于五月率大军退还。遭蜀军截击，魏军苦战，始得退回，失散、伤亡甚众。
正始六年（245年）八月，曹爽废置中垒、中坚营，
把两营兵众统交他的弟弟曹羲率领，司马懿援引先帝旧例制止，曹爽不听。
正始七年（246年）正月，吴兵入侵柤中，有万余家百姓为避吴兵，北渡沔水，
司马懿认为沔南离敌太近，倘若百姓奔还，还会引来吴兵，应该让他们暂留北方。
曹爽不同意，说：“现在不能在沔南修城守地，反而让百姓留沔北，
这不是长远之计。”司马懿则说：“放在安稳之处所则安稳，
放在危险之处所则危险，人与物都是如此。
所以兵书上说‘成败在于形，安危在于势’。
形势是驾驭众人的关键，不能不审慎对待。
假设吴贼以二万人防守沔水，三万人与我沔南诸军对抗，一万人猛攻柤中，
我们怎么去援救呢？”曹爽不从，驱令还南。吴兵果然击破柤中，
所失百姓，数以万计。曹爽的行为不但违背了顾命大臣应有的本分，
也使魏国国力衰退，不少有志之士颇感不安，希望太傅主持公道。
并州刺史孙礼就去和司马懿抱怨，司马懿安慰他说：“且止，忍不可忍。”
正始八年（247年）四月，夫人张氏薨。曹爽用心腹何晏、邓飏、丁谧之谋，
把郭太后迁到永宁宫，一时曹爽兄弟“专擅朝政，兄弟并掌禁兵，
多树亲党，屡改制度”。五月，司马懿伪装生病，不问政事。
正始九年（248年）三月，黄门张当把内庭才人石英等十一人送给曹爽，
曹爽、何晏乘机与张当勾结，谋危社稷。曹爽及其同党也担心是司马懿装病。
同年冬，河南尹李胜要到荆州任刺史，行前去拜望他。
司马懿假装病重，李胜出来后对曹爽说：“司马懿已像尸体一样，卧床不起，
只有残余之气，形神已经分离，不值得忧虑了。”
以后又说：“太傅不能康复，令人忧伤。”所以曹爽等对司马懿未加戒备。
嘉平元年正月甲午日（249年2月5日），
魏帝曹芳离开洛阳去祭拜魏明帝高平陵（今洛阳汝阳县大安乡工茹店村），
大将军曹爽、中领军曹羲、武卫将军曹训均从行。
司马懿乘机上奏郭太后，请废曹爽兄弟。
当时，司马师为中护军，率兵屯司马门，控制京都。
司马懿列阵，经过曹爽门前，曹爽部将严世登楼，引弩欲射司马懿，
孙谦拉着他的胳膊阻止他说：“事情的真相还不可知。
三次想要射箭三次被制止，孙谦皆按住严世之肘使之不能射出。”
大司农桓范出城去投曹爽，蒋济担心道：“智囊往矣。”
司马懿则说：“范则智矣，驽马恋栈豆，爽必不能用也。”
司马懿召司徒高柔假节行大将军事，管领曹爽军营，
对他说：“君为周勃矣。”召太仆王观行中领军事，统摄曹羲军营。
]司马懿自率太尉蒋济等勒兵出迎天子，驻扎在洛水浮桥。
派人上奏章给皇帝陈述曹爽之罪。
曹爽扣住奏章，把曹芳留在伊水之南，征发屯兵数千人以自守。
桓范劝曹爽挟持皇帝到许昌去，发文书征调天下兵马勤王。
曹爽果然疑惑，不从其计。反而夜遣侍中许允、尚书陈泰去见司马懿，探听动静。
司马懿乘机数说曹爽的过失，让他早来服罪。
接着又派曹爽的亲信殿中校尉尹大目去对他说，朝廷只是免他的官职，并以洛水为誓。
同时，他还让蒋济写信给曹爽，称自己只是想将他们免官，
劝告他尽早交出权力投降，可以保他们爵位富贵。
曹爽欲信其言，桓范等人从晚上一直劝到第二天黎明。
曹爽说：“司马懿正当欲夺吾权耳。吾得以侯还第，不失为富家翁。”
桓范哭说：“曹子丹佳人，生汝兄弟，犊耳！何图今日坐汝等族灭矣。”
于是，曹爽请免职，随曹芳回京。曹爽兄弟一回府，即被司马懿派兵包围。
曾与曹爽兄弟交情甚密的黄门张当在司马懿的严刑拷问之下，
只得供称曹爽和何晏等人意图谋反。以谋反的罪名杀曹爽及其党羽何晏、
丁谧、邓飏、毕轨、李胜、桓范等，并灭三族；
但对曹爽门下的二流人物，司马懿特别宽大处理，如鲁芝，辛敞，王沈等人，
后来还有人成为晋朝新贵。
嘉平元年（249年）二月，曹芳任命司马懿为丞相，司马懿固辞丞相之职不受。
十二月，诏命加九锡之礼，朝会不拜，司马懿又固辞九锡。
嘉平二年（250年）正月，曹芳命司马懿在洛阳立庙。
司马懿久病，不任朝请，每遇大事，天子亲自到他府中去征询意见。
司马懿诛曹爽，导致曾为曹爽笼络升为车骑将军、开府仪同三司，
后又升为司空的王凌心生不满，与外甥令狐愚图谋废黜曹芳，立楚王曹彪为皇帝。
还未行动，令狐愚便已死亡。
嘉平三年（251年）正月，王凌借口吴人塞涂水，请求出兵征讨。
司马懿知其阴谋，不令兴兵。并于四月亲率中军讨伐王凌。
司马懿故技重施，先下赦书赦免王凌之罪，写信安慰他，但不久大军突至。
王凌自知势穷，便独自乘船迎接，派属官王或请罪，送上印绶、节钺。
司马懿军到武丘，王凌在水边自缚等待，说：“我如有罪，公可用半片竹简召回，
何苦亲自来呢？”司马懿说：“因为君非折简之客啊！”
说罢，命将领率六百人马想把王凌解送洛阳。途经贾逵的寺庙，王凌大声呼庙。
五月甲寅日（6月15日），王凌到项城，绝望，服毒而死。
司马懿进军寿春，参与王凌之谋的人都出来自首。
司马懿推知其事，凡牵连在内的一律诛灭三族。派人挖开王凌、令狐愚的坟墓，
在附近的市上，剖棺暴尸三天，然后，烧掉他们的印绶、官服埋于土中。
司马懿最终逼楚王曹彪自尽，并趁机把魏之王公全部拘捕，放置邺城，
命有司监察，不准他们互相交结往来。
曹芳策命司马懿为相国，封安平郡公，孙及兄子各一人为列侯，
前后食邑五万户，封侯者十九人。司马懿固辞相国、郡公之位不受。
嘉平三年（251年）六月，司马懿病重，梦见贾逵、王凌对自己作祟。
八月戊寅日（9月7日），司马懿在洛阳去世，享年七十三岁。
九月庚申日（10月19日），司马懿被葬于河阴首阳山，谥号文贞，
追封相国、郡公，司马孚秉承他的遗愿，辞让郡公和殊礼，遗命简葬，
作顾命三篇，敛以时服，不树不坟，不设明器。
谥号后改为文宣。但《三国志》和《晋书·文帝纪》均记载谥号为“宣文”，
故多以后者为准。十一月，有司奏请将各位已故功臣的灵位置于魏太祖庙中，
以配享祭祀，排位以生前担任的官职大小为序。
太傅司马懿因位高爵显，列为第一。
咸熙元年（264年），司马昭封晋王后，追封司马懿为宣王。
泰始元年（265年），司马昭之子晋武帝司马炎受魏禅，
给司马懿上尊号为宣皇帝，称其陵墓为高原陵，庙号高祖。
司马懿在魏明帝大修宫室之际他也加以劝谏，魏明帝驾崩后他奏请罢修宫室，
雕玩物之人力，节用务农，使天下欣赖。
识拔人才上，司马懿从寒门中提拔了邓艾、王基、州泰等人才，
如虞预所说，经略之才可谓远矣[81]。在扳倒曹爽后，司马懿或以剿杀，
或以监禁的方式削弱曹魏宗室力量，为日后其子孙篡魏开晋打下坚实基础。
司马懿击吴获胜后，被任命为骠骑将军，受命屯于宛，
负责荆州和豫州地区的军政大事。
太和元年（227年）2月，驻守新城（今湖北房县）的将领孟达有叛魏归蜀之意。
孟达本为蜀将，是叛变之后归附魏国的。诸葛亮讨厌此人反复无常，有犹豫之意，
在此期间消息被透露出去，于是出现了魏、蜀、吴三国争孟达之战。
司马懿从宛至新城一千二百里，至京都八百里。司马懿当机立断，
同时采取三个行动，一足立即致书孟达，陈述魏朝廷对他的恩惠和信任；
二是派人奏明圣上，言明出兵之意；三是司马懿亲率大军，火速登程。
此时蜀吴军队尚未反应，孟达只得守城待援。魏军攻城十三日，
孟达部将开城投降，魏军进城杀孟达，俘叛军万余，新城仍为魏占有。
待蜀吴两军赶到之时，孟达早已成为司马懿的刀下之鬼，
新城局势已被魏国牢牢控制。蜀吴两国军队，劳而无功，不战而还。
太和五年（231年）春，诸葛亮率十万大军第四次出祁山北伐曹魏。
此时，在西线驻守的重将曹真已死。魏明帝比较再三，认为非司马懿不可收拾。
司马懿受命主持西线军政大事，进驻汉阳与诸葛亮对峙。
司马懿深知诸葛亮思虑深沉，动必有计主张不去追击。
魏将大多对长期的防守战略不满，讥笑他畏蜀军如虎。
蜀军撤退之后，魏将认为蜀军不久即可卷土重来，
因此，应立即调运粮草，抓紧备战。但司马懿认为，蜀国兵弱力薄，
非三年的积蓄不足以发起大的进攻。所以，他部署驻军，不必紧张，
应继续实行屯田备边之策，准备应付三年之后蜀军的重大进攻。
果然不出司马懿所料，直到青龙二年（234年），诸葛亮才发起第五次北伐。
诸葛亮率十万蜀军进逼渭水。渭水北岸是良田沃土，为了不使当地人遭受更大损失，
司马懿大胆地渡过渭河，背水结阵与蜀军对峙。针对蜀军远道而来，
粮草运输困难的弱点，他仍采取坚守不战的策略，想通过时间的延续把蜀军消耗贻尽。
两军长期相持，蜀军力量渐渐不支。诸葛亮也终因积劳成疾而病死军中。