2、民兵体系将会从凤凰军的作战体系中剔除，但又不完全剔除，而是要建立一个类似后备军的民兵晋升体系，虽然大部分守护者民兵在战斗结束后都会急匆匆的甩掉战争的印记，但也有一部分适应了战争，他们不再追求平和的生活，但由于方舟世界大多没有常备军，往往会转向武士道途，基于这种情况，未来凤凰军中相当一部分正式士兵会从守护者民兵中诞生。
3、重新建立凤凰军的指挥链，新凤凰军的组织构架将会分成三部分，分别是步军，飞军和龙军，每一军都有一个最高中枢名为军机处，但它并不是一个指挥机构，而是一个信息监控，处理和调度机构，由3-6名先知组成，但先知们本身并不是军人，他们也没有军阶，也就没有任何指挥权，军机处直接对索什扬负责，任务就是为最高指挥部提供战场和各个部队的动向，同时不同军机处之间采用心灵链接的方式进行协调，以达到效率最大化，而凤凰军的最高机构自然就是索什扬本人。
4、细化部队的指挥序列，取消了过去以战群为结构的混乱的组织构架，重新构建新结构。
其中步军的组织构架是小队-连-营-旗，其中步兵小队是由6-12名士兵或者道途武士组成，一般来说两者会分开组队，但必要的时候可以将一个6人士兵小队和一个6人道途武士小队组合成一个新的12人小队，同时每一支步兵小队都至少会有一个蛇之鳞反重力平台（可以装备星镖炮或者d炮）进行重火力支援，同时规划中还会有3-6台反重力纺锤机蜂进行辅助作战，另外步兵小队中也有完全使用载具的小队，比如由3架黄蜂攻击艇和6架反重力摩托组成的高速火力小队，或者完全由摩托组成的高速侦查小队。
但其中值得注意的一点是，索什扬所设计的连并非固定的步兵小队就是步兵小队，装甲小队就是装甲小队，人类这么干是因为人类受限于寿命，短暂的一生往往只能掌握有限的作战技巧，也就是所谓“专业”，但这个并不适用于艾达，因为艾达的寿命太长，只要肯花时间学习，那么一个艾达士兵可以熟练操控几乎所有战争机器，所以一个步兵小队可以通过直接部署空载具的方式直接变成一个载具小队，比如一支6人步兵小队，通过风暴巨蛇投放3台两人驾驶的猎鹰坦克，马上就可以变成一支坦克小队，也就是说，凤凰军的士兵（非道途武士）不是单纯的步兵，而是侦察兵，狙击手，驾驶员甚至是飞行员的结合体，是真正意义上的人间兵器，某种意义上也算是一种道途。
至于连，则并不是常识里的数个小队的简单组合，凤凰军的连已经是一个复合作战单位，包括若干步兵小队，战行者，幽冥构造体和猎鹰坦克等载具单位，而且一个连可以通过调整步兵和载具的比例改变其作战用途，比如编入3-6支坦克小队（3台\/队），可以将一个连变成装甲连，或者编入2-4个幽冥构造体小队（5个\/队），将其变成一个地面强袭连队，总之一个连的人数大概在50-100之间浮动，同时各类连之中还存在一种特种连，这种连完全由来自一个神龛的道途武士组成，人数在30-60人之间，主要是面向狂嚎女妖，突击蝎这类人数比较多的神龛。
而营则由3-6个连队组成，属于凤凰军最大的常设编制，一个营某种意义上就算是一个可以完全独立进行一场战争的编制了，并且同样可以通过增加特殊作战连队的方式改变其属性，比如数个装甲连可以组成一个装甲营，一个营的兵力大致在250-500之间，且将装备有诸如蝎式超重型坦克，风暴巨蛇，焰晶坦克，以及大型幽冥构造体这类大杀器，同时营还将额外配置一个独立编制的“兽群”，一个兽群由3名德鲁伊和上百头各式战兽组成。
不过营虽然是常设机构，但编制并不是固定编制，一个营只有两个“基干连”是始终固定的，剩下的连都是根据战场情况随时增补。
相对于之前三个层级，旅一级就特殊些，因为这个就不是一个常备编制，这个编制只有在进行大规模，横跨星系的战斗时才会组建，其由若干营和额外的特殊连队组成，旅长就相当于一个独立战区的司令官，拥有极高的决策权和战术自由，所以该职位由索什扬亲自任命某个营长或者高级军官担任，一旦战争结束旅指挥部就会解散，这样做的原因一方面是可以防止层级太多指挥臃肿，一方面则是考虑到旅级的兵力太庞大了，指挥官长期在这个位子上，万一有些什么，可能就是一场大乱...索什扬很早就意识到，不能把筹码都压在“忠诚”或者“品性”两个字上，帝皇已经用血淋淋的教训证明了这点，所以权力的均衡和制度上的制衡才是关键的。
而且由于艾达漫长的生命和不逊于阿斯塔特的思考与理解能力，只要多打几仗几乎绝大多数营级指挥官都能胜任旅级的指挥任务，也不用担心无人可用或者难以胜任。
凤凰军的飞军部分则较为简单，就是小队-中队-大队-联队的指挥链，其实联队也不是常设构架，而是临时组建，深红猎手们因为是道途武士，所以他们有一个独立的大队编制，另外凤凰军的飞军并非纯粹的飞行载具组成，他们也是有自己的步兵单位，其中一个是黄蜂袭击者，别看名字带黄蜂，但它和黄蜂攻击艇没有任何关系，它实际上是战行者的一个变种，放弃了战行者的侦查定位，配备了更强大的喷气装置，还配备2门重武器，如星镖大炮，散射激光、导弹发射器等，灵族海盗很喜欢使用这种单兵载具，因为它很轻可以直接挂载在吸血鬼运输机下方进行快速部署，在抵达目标后，它会直接从吸血鬼运输机上脱落，通过喷气装置安稳落地，为其他部队提供支援。